Các bộ phim của Stone thường xuyên bị chỉ trích vì ủng hộ các giả thuyết lịch sử gây nhiều tranh cãi. Một ví dụ điển hình là bộ phim JFK đã lật lại vụ ám sát tổng thống John F. Kennedy khi đặt ra giả thuyết về sự can dự của rất nhiều viên chức chính phủ cấp cao của Hoa Kỳ vào vụ ám sát. Bộ phim Nixon do Stone thực hiện năm 1995 cũng bị chỉ trích về cách mô tả tổng thống Mỹ Richard M. Nixon. Năm 2004, bộ phim Alexander của Oliver Stone một lần nữa bị phản đối nặng nề vì đã dựng nên chân dung vị hoàng đế Hy Lạp vĩ đại như một người đồng tính luyến ái. Bên cạnh những tranh cãi xung quanh các bộ phim về đề tài lịch sử, Stone còn bị chỉ trích vì đã thực hiện bộ phim Natural Born Killers (Sát nhân bẩm sinh) đậm đặc bạo lực.